Alunno dei Gesuiti nel collegio di Caen, compì brillantemente gli studi di Lettere e di Filosofia, dai Padri Gesuiti di Caen, ricevendone una solida formazione umana e spirituale. II 25 marzo 1623, entrò a far parte della Congregazione dell'Oratorio, creata nel 1611 dal sacerdote e futuro cardinale Pietro de Bérulle, per formare buoni predicatori. Nel 1625, ordinato sacerdote, viene mandato a Caen, nella Normandia nativa. E qui lo sorprende la peste. Si fa infermiere dei malati e confortatore dei moribondi, ma i suoi amici si tengono alla larga, per paura del contagio.
Una volta guarito ritorna all’attività principale: le “missioni al popolo”, percorrendo la Normandia, una parte della Bretagna, la Borgogna, la Piccardia, la Sciampagna, la Brie, riportando ovunque grandissimi frutti.
Con l'approvazione del cardinale Richelieu, nel 1643 Giovanni Eudes abbandonò l'Oratorio e decise di dedicarsi alla formazione del clero secondo i dettami del Concilio di Trento: a tale scopo, il 25 marzo 1643 fondò a Caen la Congregazione di Gesù e Maria, una società di vita apostolica destinata particolarmente alla direzione dei seminari e alle missioni parrocchiali; nel 1674, la congregazione ottenne la particolare protezione di papa Clemente X.
Si fece promotore e diffusore della devozione ai Sacri cuori (in onore dei quali nel 1637 scrisse il libello "La vita e il regno di Gesù") e compose l'ufficio liturgico delle messe per le feste del Cuore Immacolato di Maria (celebrata per la prima volta nel 1648) e del Sacro Cuore di Gesù (1672).
La devozione ai Sacri cuori ci ricorda che ogni battezzato, alla sequela di Maria, è chiamato a formare Gesù in se stesso, accogliendo il suo amore senza limiti.
Gli scritti di san Giovanni Eudes sottolineano l’unità mistica dei Sacri Cuori: «Non devi mai separare ciò che Dio ha così perfettamente unito. Gesù e Maria sono così intimamente legati l’uno con l’altro che chi vede Gesù guarda Maria; chi ama Gesù, ama Maria; chi ha la devozione per Gesù, ha la devozione per Maria».
San Giovanni Eudes mostrò, con argomenti teologici, che il Cuore di Gesù e quello di Maria costituiscono, per l'unione esistente tra loro, come un solo e stesso Cuore. «Il nostro proposito è stato sempre, dai primordi della nostra congregazione, di contemplare e onorare questi due amabili Cuori come uno stesso Cuore, in unità di spirito, di sentimento e di affezione».
Diamo ora un breve sguardo ai suoi preziosi scritti. Nel trattato L'ammirabile Cuore di Gesù leggiamo:
«Pensa, ti prego, che Nostro Signore Gesù Cristo è il tuo vero capo, e che fai parte delle sue membra. Egli ti appartiene come il capo al corpo. Tutto ciò che è suo, è tuo: il suo Spirito, il suo cuore, il suo corpo, la sua anima, e tutte le sue facoltà. Tu ne devi usare come di cose tue per servire, lodare, amare e glorificare Dio. Tu gli appartieni come le membra al loro capo. Parimenti egli desidera usare, come cosa che gli appartenga, tutto ciò che è tuo, per indirizzarlo al servizio e alla gloria del Padre suo. Non solamente egli ti appartiene, ma vuole essere in te, vivendo e dominando in te come il capo vive e regna nelle sue membra. Egli vuole che tutto ciò che è in lui viva e domini in te: il suo spirito nel tuo spirito, il suo cuore nel tuo cuore, tutte le facoltà della sua anima nelle facoltà della tua anima, perché anche in te si adempiano queste divine parole: «Glorificate Dio nel vostro corpo» (1 Cor 6, 20) e perché la vita di Gesù si manifesti in te».
E nel trattato Il cuore ammirabile della SS. Madre di Dio leggiamo:
«Tutto l'amore umano del suo cuore è consumato e trasformato in un amore divino che non ha altro oggetto se non Dio. Tutto l'odio umano e naturale vi è distrutto e trasformato in un odio soprannaturale e divino, che non riguarda altro se non il peccato e tutto ciò che al peccato può condurre. Tutti i desideri di qualsiasi cosa sono annientati e convertiti in un semplice e purissimo desiderio di compiere in tutto e per tutto la divina volontà. Tutta l'avversione che l'amor proprio, la sensualità, l'orgoglio umano sentono, ad es., per le umiliazioni, le mortificazioni, le privazioni delle comodità della vita presente, tutto ciò resta annientato e trasformato in una santa avversione ed in un'accurata fuga di tutte le occasioni di spiacere a Dio. Lo stesso dicasi degli onori, delle lodi, delle soddisfazioni sensuali e di tutto quello che può contentare l'ambizione, l'amor proprio e la propria volontà. Tutte le vane gioie di questo mondo, vi sono morte e trasformate in una santa gioia di tutto quello che è secondo il beneplacito di Dio. Tutta la tristezza procedente da quanto è contrario alla natura e ai sensi vi è soffocata e cambiata in una tristezza salutare, per la sola offesa di Dio. Tutte le speranze, le pretese di ricchezze, di piaceri, di onori della terra, tutta la confidenza in se stessi e nelle cose create, nel Cuore di Maria, vengono interamente trasformate nella sola speranza del bene eterno e nella confidenza unica nella divina bontà. Tutta la diffidenza circa l'onnipotenza di Dio, la sua bontà, la veracità delle sue parole, la fedeltà alle sue promesse, vi è totalmente distrutta e trasformata in una grande diffidenza di sé e di tutto quello che non è Dio. Il che fece sì che la Vergine fedelissima non s'appoggiasse mai su se stessa, né su alcuna cosa creata, ma sempre sulla sola potenza e misericordia di Dio. Tutto l'ardire, il coraggio nell'intraprendere cose riguardanti il mondo, anche buone, ma non ispirate da Lui, son convertiti in forza divina che porta la prediletta di Dio a combattere generosamente ed a vincere tutte le difficoltà che si oppongono al compimento di quanto Dio le domanda. Tutto il timore della povertà, dei dolori, delle umiliazioni, della morte e di tutti gli altri mali che mantengono in apprensione l'uomo materiale, come pure il timore mercenario e servile di Dio, vi è soffocato e cambiato nel solo timore amoroso e filiale di dispiacere, anche solo per poco, a Dio. Tutta la collera e l'indignazione riguardo a qualche creatura vi è trasformata in una giustissima, divina collera contro ogni sorta di peccato, che lo mantiene nella disposizione di venir sacrificato mille volte pur di distruggere il minimo peccato, se il suo sacrificio tornasse gradito a Dio. Così l'amore divino, sacrifica all'adorabile Trinità, sull'altare del Cuore di Maria tutte le sue passioni. E questo sacrificio si compì fin dal primo momento di sua vita, e continuò sino al suo ultimo respiro, con un continuo crescendo d'amore e di santità».
Leone XIII attribuisce a Eudes il titolo di «autore del culto liturgico ai Sacri Cuori di Gesù e Maria», e san Pio X, nel beatificarlo, quello di «padre, dottore e apostolo» di tale culto.
Dopo vent'anni di oratorio, ispirato dal Signore, San Giovanni Eudes fondò, assieme a cinque suoi compagni, la «Congregazione dei Sacerdoti di Gesù e di Maria» per la formazione dei chierici. Scopo della sua Congregazione è la direzione dei Seminari, le missioni al popolo e gli esercizi al clero. Diede ancora vita ad altre sante istituzioni, quali l'Ordine di Nostra Signora della Carità, l'Istituto del Buon Pastore d'Angers, e la Società del Cuore ammirabile della Madre di Dio.
Fedelissimo al Papato e suo strenuo difensore, oppose un argine all' eresia dei Giansenisti che in quei tempi devastava la Chiesa di Dio. Non si lasciò sviare né da odii, né da persecuzioni, né da calunnie, ma, qual fedele seguace di Gesù, pregò e perdonò ai suoi nemici.
All'età di 79 anni, affranto dalle fatiche e dagli anni, ripetendo di continuo i nomi soavissimi di Gesù e di Maria, tante volte invocati in vita, spirò santamente a Caen il 19 agosto 1680.